La Institución Educativa San Pedro Claver tiene el mismo origen del Municipio cuyo reconocimiento jurídico se dio a partir del 19 de Octubre de 1952; siendo la primera escuela de varones de Villamaría.

Tuvo como primer nombre: Escuela Urbana de Varones de Villamaría, en 1959, se cambió por el de Escuela San Pedro Claver en honor al apóstol de los negros, el 19 de Septiembre del 2001 a través de la resolución 2393 recibió el nombre de Centro Educativo San Pedro Claver, el 21 de Marzo del 2002 por el de Colegio San Pedro Claver mediante acto administrativo 00622; en el 2004 se deroga dicho acto administrativo para cambiar nuevamente por Centro Educativo San Pedro Claver a través del decreto 00180 del 25 de Febrero; en el 2006 nuevamente cambia por el de Institución Educativa San Pedro Claver según resolución 1939 del 21 de Junio.

Su primer Director fue: Jesús María Arias B. quién ejerció sus funciones desde 1927 hasta 1930. Otros Directores que ha tenido la Institución:

• Joaquín Rodríguez.
• Jesús María Arboleda.
• Ernesto Bernal.
• Enrique Naranjo.
• Manuel López.
• Indalecio Arroyave
• Juvenal Gil García.
• Antonio Pulgarin.
• Josué Pineda.
• Mario Salgado.
• Olimpo Henao.
• Aleida Marín.
• Fabiola Herrera.
• Oscar Giraldo Escobar.
• Lucero Cardona Idárraga.
• Gloria Inés Gutiérrez

Esta Institución inició labores con 159 alumnos y 5 grupos de Básica Primaria en jornada ordinaria de 8:00 a 11:00 a.m y de 1:00 a 4:00 p.m. Actualmente tiene una capacidad de 1500 estudiantes y atiende en dos jornadas (mañana y tarde)

La planta física de la Institución se inició con la construcción de una sola planta en bahareque; en 1926 se adiciono la segunda planta en el mismo material. Con la catástrofe del Ruiz en 1985 se benefició la Institución por parte de RESURGIR y FES de un nuevo bloque con dos aulas, una dirección, un aula remedial y una unidad sanitaria.

Desde 1988 la Administración Municipal ha venido mostrando interés por el mantenimiento de la planta física pero era poco lo que se podía hacer, debido al poco presupuesto y a las grandes necesidades que presentaba el local por su antigüedad hasta tal punto de llegar a la conclusión que era necesario demoler la edificación y construir una nueva planta física.

La Administración Municipal y la Comunidad Educativa pusieron todo su empeño para elaborar un proyecto de construcción por intermedio del FINDETER; quién aprobó el proyecto. A finales de 1994 se inició la demolición y a comienzos de 1995 se dio comienzo a construcción de:

• 24 Aulas.
• Área de Administración.
• Una Biblioteca.
• Sala de Laboratorio.
• 27 unidades sanitarias.
• Un área para restaurante.
• Un aula especial para Preescolar.
• Áreas de recreación.

La Institución Educativa San Pedro Claver ha tomado parte en la historia de Villamaría; ya que de ella han egresado grandes personajes de la vida Municipal, Departamental y Nacional tales como: GERARDO ARIAS MEJIA (Gobernador), GERARDO ARIAS RAMIREZ (Gran Educador quién le dio a un colegio su nombre),Capitán JAIME DUQUE GRISALES ( A quién se le debe la construcción del Palacio Municipal, parte de la planta física del colegio que actualmente lleva su nombre y del Cuerpo de Bomberos del Municipio). Además de otras grandes personalidades como el Doctor Guido Echeverry y el Doctor Juan Alejandro Holguin.

La Institución Educativa inició con el ciclo de Educación Básica en 1998, aumentando progresivamente hasta obtener el ciclo completo. El acto administrativo para la aprobación fue emitido el 19 de Septiembre del 2001, mediante resolución 2393.

En el 2005 se continuó con el ciclo de Educación Media, proclamado la primera promoción de Bachilleres en Diciembre del 2006; obteniendo un nivel alto en la pruebas del ICFES.

En el 2006 se inició con el proyecto Caldas Virtual en asocio con Confamiliares, Gobernación de Caldas y Secretaria de Educación del Departamento; con el propósito de dar cobertura a los grados tercero, cuarto, quinto, séptimo y octavo proporcionando herramientas básicas para el uso adecuado de la tecnología de la información (TICS); cabe anotar que todos los docentes de Básica Primaria participan de dicho proyecto; en el 2007 inicia el programa de atención a la población con necesidades educativas especiales a través del convenio con la Universidad de Manizales, Secretaria de Educación Departamental y fortalecido con el semillero de potenciación; en este mismo año se inicia el proyecto de comunicación coordinado con Confamiliares igualmente se perfeccionó el convenio con el CASD. Además en el año 2010 se hacen efectivos los convenios con las diferentes entidades de educación superior como SENA, con quienes se inició el proceso de integración en Comercio (Auxiliar en contact center), Junto a este convenio se incorpora People Contact quien apoya con capacitación y el plan canguro en la etapa productiva de los estudiantes, generándoles importancia en la parte laboral y vinculándolos de manera provisional hasta cumplir su mayoría de edad.

Más adelante, el SENA, decide cambiar la modalidad de estudiantes a Técnico en Gestión Comercial y Telemercadeo en CONTACT CENTER, siendo esta una gran oportunidad para el desempeño laboral de los jóvenes; a esto se suma en el 2010, los convenios con las Universidades, siendo el mayor logro para los estudiantes poder vincularse en su proceso de colegio en la universidad en el inicio de carreras definidas que podrían generarles empleo al culminar la parte académica correspondiente; entre ellas la Universidad de Caldas con Biotecnología y la Universidad Católica con Técnico en Guianza Turística.

En la actualidad se continua con la articulación con el SENA, Con excelentes desempeños.. 

Hoy día contamos con la PROFUNDIZACIÓN EN TECNOLOGIA E INFORMATICA, la cual se hace desde transición al grado once. estos estudiantes obtienen el titulo de: bachilleres con enfásis en TICS.